O mar, em sua fúria, consumiu as terras do mundo inferior. Pela vontade humana, cidades voadoras foram criadas e lançadas aos céus. Flying Tokyo agora flutua acima do que restou, onde tradição e tecnologia coexistem nos distritos suspensos.

À noite, fissuras se abrem na cidade, revelando aquilo que o dia insiste em esconder. Os samurais da Shinsengumi mantêm a lei, a ordem e o frágil equilíbrio que sustenta esse lugar. Enquanto houver homens dispostos a empunhar a espada, Flying Tokyo continuará a voar.