Em uma cidade abandonada pela própria existência, um canto fúnebre de gemidos aflitos é entoado.
São as almas daqueles que perderam seu lugar no pós-vida — agora tudo que lhes resta é se esgueirar pela escuridão, famintos e apodrecidos.

Porém, mesmo em meio a esse cenário gélido e sombrio, um ferreiro se ergue carregando consigo as brasas incandescentes que mantém a forja acessa.
E se lança em meio as trevas para proteger a única coisa que ainda o conecta aquele mundo que não existe mais...

Mesmo que para isso ele tenha de enfrentar o próprio mal da humanidade.

YoRHA Boys conta os eventos que ocorreram antes do início do mundo pós-apocalíptico de NieR: Automata. Esta é a história anteriormente não contada da formação do Esquadrão YoRHa Experimental M — o início de ambas "maldição" e "punição", de androides que sonham com a glória da humanidade.

Depois de perder as memórias, Noah é amaldiçoado a sentir toda a dor das pessoas próximas pelo resto da vida. Esse poder se torna ainda mais problemático quando alguém próximo morre: a partir desse momento, ele volta no tempo para evitar esse destino.

Agora para descobrir a origem de sua maldição e recuperar suas memórias, ele inicia uma jornada sem volta para dentro de si mesmo.

Lutando contra uma organização chamada Emissários, que estão atrás dele. Entre desafios e escolhas difíceis, Noah levanta a cabeça por cima do sangue com punhos cerrados e decide que salvará todos deste destino.

Após dez anos de guerra, os reinos de Mephius e Garbera finalmente decidem encerrar suas hostilidades através de um casamento político entre as duas famílias reais. Orba, um garoto que se tornou órfão por causa da guerra e se viu obrigado a lutar nas arenas como um gladiador a fim de sobreviver, coincidentemente compartilha a mesma fisionomia do príncipe herdeiro de Mephius. Por obra do destino, ele acaba sendo usado como duble de corpo para o príncipe durante a cerimônia de casamento. No lado de Garbera, a princesa Vileena elabora um plano para controlar o príncipe por detrás dos panos em favor de sua nação.

Marcy Rosenheim, uma jovem adulta no final da sua vida universitária, acostumada a viver sufocando os fantasmas do seu passado e procurando a solidão como meio de não perder a cabeça.

Em outro dia de sua vida monótona, ela é confrontada por um funcionário estranho da cafeteria que costuma frequentar.

Irritada pelo desprezo do jovem que não queria encontrar novamente, ela descobre que seu revés, Liel Cunningham, será seu novo colega de quarto. Agora, além de confrontar suas próprias sombras, Marcy terá que lidar com sentimentos por alguém que a lembra da pessoa que mais amou.

Nunca achei que minha vida tivesse algum sentido, mas… eu acho que tenho um talento.

「Prepare-se. O Duelo Começará em Breve.」

A história de Pandora, uma jovem garota que foi tirada à força dos pais e vendida como escrava durante as guerras do antigo Império Grego.

Comprada por um homem rico — um misterioso proprietário de passado obscuro — Pandora é enviada para trabalhar em uma grande mansão, onde se torna uma das serviçais. Enquanto luta para se adaptar à nova vida e superar os traumas antigos, Pandora descobre que a sua estadia nesta mansão traria a tona novamente o passado da sua família e concretizaria a sina do futuro da humanidade.

Após acordar em um estranho jardim sem memórias, Solano se torna assistente de uma misteriosa criança autoproclamada dona do jardim: Po. Todos os dias, ele realiza as tarefas do local sob as ordens do menino até esbarrar com uma desconhecida que o fará perceber que sob aquelas flores há mais do que aparenta. Afinal de contas, nenhuma árvore cresce sem sementes.

Quando abri os olhos, vi que estava dentro de uma novel. Não só isso; eu tinha me transformado no infame Lixo da família do conde... E o protagonista, Choi Han, que o espanca dentro da obra, está prestes a chegar. 

Os olhos de Michael, que sempre esbanjaram vida, se tornaram vazios e apagados. Seu irmão, com quem compartilhava a promessa e o sonho de se tornarem grandes pessoas, faleceu na frente dele em um acidente por culpa sua.

Sentia-se no dever de honrar as memórias do irmão e viver uma vida digna, mas a depressão envolveu sua alma em um abraço mórbido, impedindo-o de cumprir sua promessa. Não poderia culpar nenhuma sorte ou injustiça pelo seu fracasso: a falta de atitude e esforço não eram responsabilidade de ninguém além dele.

Uma manhã, contudo, Michael desperta em um quarto desconhecido. No reflexo do espelho, descobre que está preso no corpo de um jovem estudante de uma Academia de Magia situada no coração do caos do mundo, embora as únicas memórias que possua são as suas da Terra.

Jogado nesse mundo incerto, sem qualquer ajuda ou pistas do porquê, Michael terá que descobrir em quem confiar, como conseguir compensar a falta de anos de treinamento de magia pelos quais todo nobre passou e como fugir da crueldade dos que querem seu fim — tudo enquanto sofre pela perda da família e do conforto com que sempre viveu, obrigado a ter uma força e resiliência que lhe faltavam.

No entanto, quando a pressão já é maior do que consegue aguentar, Michael ainda descobrirá que a Academia não é tão segura quanto se diz, e que todos os horrores e monstruosidades daquele mundo também moram nos recantos do colégio...