Ryouko Otonashi é um aluna alegre e frívola da Hope's Peak Academy, uma escola de elite que aceita apenas os alunos mais talentosos. Porém, Ryouko é diferente dos outros: como uma amnésica crônica, ela tende a esquecer acontecimentos e rostos, registrando tudo o que testemunha em um caderno em que se pode confiar quando sua memória a abandona. Além disso, seu irritado amigo de infância, o "Super Colegial Neurologista", Yasuke Matsuda, trabalha incansavelmente para curar seu distúrbio. Yasuke é a única pessoa que Ryouko nunca pode esquecer, afinal, ela está profundamente apaixonada por ele.

Este par estranho leva uma vida agitada, mas feliz na Hope's Peak Academy, até que eles são confrontados por uma garota estranha que parece ser a própria personificação do desespero. À medida que seu caderno se torna cada vez menos confiável e os segredos sombrios de Yasuke são revelados, Ryouko agarrará a esperança ou sucumbirá ao desespero?

Eu, Honjou Kaede, fui convidada pela Risa, minha amiga, para jogar um VRMMO... Olha, não odeio jogos, mas sentir dor é algo que não quero... Na verdade, eu odeio sentir isso! Muito, muitoooo!

Eh...! A dor vai ser reduzida se eu colocar os pontos na defesa? Então, a única estatística que devo aumentar é essa, né? NÉ?!

Fortalecer a defesa ao limite, aqui vou eu!

Um conto de duas pessoas, Toono Takaki e Shinohara Akari, que eram amigos próximos, mas gradualmente crescem mais e mais longe à medida que o tempo passa. Eles se separam por causa de suas famílias, mas mantém contato através de cartas. Contudo como o tempo continua a passar, eles começam a perder contado um com o outro. Os anos se passam e a distância entre eles fica cada vez maior. No entanto, Takaki se lembra dos tempos que eles passaram juntos, mas como a vida continua a os afastar, ele se pergunta se teria a oportunidade de conhecer Akari novamente.

Este mundo, onde o 『Maou』 foi derrotado pelo 『Herói』 vindo de outro mundo. Um mundo de pessoas, que esqueceram do terror do 『Maou』 e dos monstros — onde o descuido não era mais relevante — acostumadas a um mundo de paz.

Em uma certa caverna esquecida entre as montanhas, um novo monstro, o qual não deveria ter surgido, nasceu. Um 『Ooze Negro』. Não havia nada de excepcional nele, a não ser pela sua cor negra, parecendo apenas um slime comum.

Contudo, esse slime tinha a característica especial de tomar as habilidades dos seres vivos que engolia. Ele predou um inseto que tinha veneno paralisante, assim como vários outros animais. Então, em seguida, atacou um humano, obtendo todo seu conhecimento e 『Luxúria』.

Em pouco tempo, o monstro estabeleceu a maga, que apareceu para explorar a sua caverna, como alvo.

Esse mundo ainda não sabia.

『Um monstro nasceu』...

Mais de uma década antes dos eventos do mangá, um encontro casual leva o guarda-costas profissional Yukichi Fukuzawa a relutantemente tomar um menino gênio arrogante chamado Edogawa Ranpo sob sua proteção. Seu trabalho os leva a um teatro local em alerta máximo, após receberem uma bizarra ameaça de morte - um desafio que exigirá a inteligência de Ranpo e a experiência de Fukuzawa. O resultado estimula Fukuzawa a estabelecer a Agência de Detetives Armados, uma organização que assume trabalhos perigosos que nem mesmo a polícia consegue resolver! Além disso, dê uma olhada na Agência, na noite anterior do recrutamento de Atsushi Nakajima!

Devido à sua perigosa Habilidade, Ayatsuji Yukito, conhecido como o Detetive Assassino, é monitorado pela agente novata da Divisão de Habilidades Especiais, Tsujimura Mizuki. Ayatsuji é requisitado para resolver um certo caso de assassinato, mas quem está movendo as cordas por de trás do palco é o seu arquirrival Kyougoku Natsuhiko!

Um dia, uma garota, como aquela que você ouviria em uma história – Charlotte Bennett entrou como aluna transferida na turma de Akihito Aoyagi. Testemunhando seu temperamento elegante e sua aparência fofa que poderia cativar qualquer pessoa, Akihito se apaixonou por ela à primeira vista. Pensando nela como uma existência além de seu alcance, ele desistiu sem sequer se aproximar dela.
No entanto, depois de salvar, sem saber, a irmã mais nova de Charlotte, que acabou perdida, as duas irmãs Bennett começaram a ir à casa de Akihito para passar um tempo com ele todos os dias.

Kimihiko Kimizuka sempre foi um ímã para problemas e intrigas. Desde que ele consegue se lembrar, tropeçou em cenas de assassinato ou recebeu misteriosas pastas de documentos para transportar. Quando conheceu Siesta, uma detetive brilhante lutando em uma guerra secreta contra uma organização de pseudo-humanos, ele não resistiu ao chamado para se tornar seu assistente e se juntar a ela em uma jornada épica pelo mundo.

... Até um ano atrás, claro. Agora ele voltou a uma vida normal e tranquila em comparação, sabendo que sua aventura deve ter acabado. Afinal, a detetive já está morta.

Hasegawa Kodaka foi transferido de escola, mas está tendo dificuldades para fazer amigos. Devido a cor do seu cabelo e ao formato de seus olhos, as pessoas costumam confundi-lo com um delinquente. Um dia, ao voltar para a sala de aula, ele encontra Mikazuki Yozora, sua colega de classe, conversando com uma "amiga de ar". Agora, eles vão se unir para criar o Clube dos Vizinhos, cujo objetivo é, basicamente... fazer amigos. 

A trama gira em torno da Grail War, uma cópia falsa da Third Holy Grail War em Fuyuki. Após o final da terceira guerra, uma organização dos Estados Unidos cujos membros são magi separados da Mage Association de Londres obteve dados da guerra em Fuyuki e planejou seu próprio ritual. Após setenta anos, eles usaram a cidade Snowfield como a Sacred Land para sua própria Grail War. Eles foram incapazes de copiar com êxito todos os aspectos do ritual, o que a transformou apenas em uma cópia sem a classe Saber e com a convocação de Servos estranhos já que a definição de “herói” estava incompleta.