Na era interestelar magnífica, a humanidade finalmente desenvolveu a tecnologia de teletransporte, mas quando se tenta teletransportar, eles não são enviados para o futuro, passado, ou qualquer tipo de terra conhecida pelos homens…

Esse espaço misterioso é chamado de Santuário de Deus, onde vivem inúmeras criaturas desconhecidas. Aqui, humanos farão o maior salto em sua evolução para criar a mais gloriosa época da história.

『Besouro Preto, Criatura de Linhagem Sagrada foi morta. Alma de besta do Besouro Preto de Linhagem Sagrada foi obtida. Coma a carne do Besouro Preto de Linhagem Sagrada para ganhar aleatoriamente de zero a dez pontos de gene.』

Após a morte do último Meister a mais de mil anos atrás, Jin Nidoh foi transportado para um outro mundo, a fim de suceder sua vontade. Depois de obter o conhecimento dos Magi Craft Meister, Jin tenta usar um portal, mas ele funciona mal, transportando-o para um mundo desconhecido. Junto com isso, uma Automata que recentemente tinha sido restaurada também usa o portal, a fim de procurar por seu “Pai”. Assim, a viagem de fabricação do novo Magi Craft Meister começa!

República de San Magnolia. 

Por muito tempo esse país foi atacado por seu vizinho, o Império, que desenvolveu uma série de veículos militares chamados de Legion, que não possui tripulantes. Em resposta à ameaça iminente, a República conseguiu desenvolver uma tecnologia semelhante e assim devolveu o ataque inimigo, sem fatalidades.

No entanto, essa era apenas a versão oficial. Na verdade, houve sim vítimas. Além dos 85 distritos conhecidos da República, existia um outro. O “não-existente distrito 86”. Foi lá que jovens homens e mulheres do destacamento conhecido como oitenta e seis lutaram... Eles lutam dentro de drones. Shinn comandava as ações dos jovens desse esquadrão suicida enquanto estavam no campo de batalha. E, Lena, uma "Handler", comandava as coisas do lado de fora das batalhas, com a ajuda de um comunicador especial. A história de despedida, cheia de lutas e tristezas desses dois começa!

Leon, um antigo trabalhador Japonês, foi reencarnado em um mundo de um jogo otome bem difícil, onde mulheres eram superiores e apenas bonitões tinham vantagens. Mas ele tinha uma arma secreta: tinha as memórias de sua vida passada, o que incluía a história completa deste jogo onde estava preso. O assista iniciar uma revolução para mudar essa situação e assim conseguir seu maio desejo… viver quieto e de boa no interior.

No ano de 2046, a neuro-sincronização, um sistema tecnológico que permite humanos a manipular seus cinco sentidos, já está tão difundida ao ponto onde pessoas possam acessar a internet e entrar em mundos virtuais através de um despositivo conhecido como Neuro-Linker.

Haruyuki é um menino baixo e gordo que tem baixa auto-estima devido ao constante bullying. Um dia, Haru atrai a atenção da vice-presidente do Conselho Estudantil "Kuroyukihime", que oferece para ele o Brain Burst, um programa secreto que permite uma pessoa fazer o tempo parecer parado aos seus arredores por "acelerar" suas ondas cerebrais no mundo real. Infelizmente, há um limite de quantas vezes uma pessoa pode "acelerar" já que isso custa Burst Points, e o jeito principal de conseguir mais pontos é combater e derrotar outros usuários do Brain Burst.

[Hundred] — essa é a única arma que pode se opor à forma de vida misteriosa [Savage] que veio à Terra. Aqueles que usam os [Hundred] para lutar são chamados de [Slayers].

Kirasagi Hayato, um calouro na Universidade de Combate [Little Garden] — admitido com nota recorde — tem como desejo se tornar um [Slayer] para poder impedir que outras pessoas tenham o trágico passado que ele teve: Perder os pais e sua vida normal após um ataque dos [Savage].

Chegando ao [Little Garden], Hayato conhece seu colega de quarto (?), Emil Crossford, que estranha e inexplicavelmente o conhece muito bem (?). A personalidade de Emil o impede de odiá-lo, ao mesmo tempo que o deixa um pouco desconfortável quando estão a sós.

Além disso, logo após a cerimônia de abertura escolar, ele é desafiado para um duelo pela capitã e presidente do conselho estudantil do campus, a [Rainha] Claire Harvey!!

A partir daqui, começa a maior Universidade de Combate!!

A história é contada do ponto de vista do protagonista Keiji Kiriya. Keiji é um novo recruta na United Defense Force, lutando contra as criaturas misteriosas chamadas ‘Mimics’ que atacaram a Terra. Keiji é morto em sua primeira batalha, mas através de algum fenômeno inexplicável acorda no dia anterior à batalha apenas para ficar preso em um loop temporal enquanto sua morte e ressurreição se repete dia após dia. As habilidades de Keiji como um soldado crescem à medida que passa através dos loops tentando mudar seu destino.

10 de abril, fim das férias de Primavera. Para Itsuka Shidou, aquele deveria ser o início de mais um dia normal. E estava sendo, até encontrar a garota sem nome que se auto denominava um espírito. Junto com uma súbita onda de choque, a paisagem urbana desapareceu sem deixar vestígios. Ela é um desastre que vai destruir a humanidade, um monstro de origem desconhecida e um ser rejeitado pelo mundo. Havia apenas duas maneiras de parar essa garota: aniquilando ou conversando. Mas para sua irmãzinha Kotori, havia outro jeito: "Já que é assim, apenas vá num encontro com ela, e faça-a se apaixonar por você!"